Theo cáo trạng của VKSND tỉnh, từ tháng 11/2000, tại họ đạo N♏guyệt Biều, thành phố Huế, Nguyễn Văn Lý đã có nhiều hoạt động vi phạm pháp luật, gây chia rẽ giáo dân, làm ảnh hưởng đến trật tự an ninh và cuộc sống bình yên của nhân dân.
Ngày 5/2, Tòa Tổng giám mục Huế đã có biện pháp thuyên chuyển Nguyễn Văn Lý về làm quản xứ giáo xứ An🍎 Truyền (thuộc xã Phú An, huyện Phú Vang, tỉnh Thừa Thiên - Huế). Tại đây, ông Lý không tự giác cải tạo mà chống đối lại chính quyền, kích động giáo d♊ân tụ tập gây cản trở việc thực hiện nghĩa vụ của nhân dân địa phương.
Ngày 26/2, UBND tỉnh đã ra quyết định quản chế hành chính đối với Lý tại xã Phú An. Nhưng Lý đã không chấp hành lệnh quản chế, vẫn tiếp tục chống đối như: không nhận giấy triệu tập, không chấp hành quy định trình diện chính quyền... Lý đã viết và phát tán nhiều tài liệu bóp méo sự thật, gây mâu thuẫn giữa quần chúng nhân dân với chính quyền; chia rẽ giáo dân với chính quyền, phá hoại chính sách đại ꧒đoàn kết toàn dân của nhà nước 😼Việt Nam.
Tại phiên tòa, Nguyễn Văn Lý đã nhận tội. Căn cứ vào Điều 269 và 87 Bộ luật Hình sự, HĐXX đã tuyên phạt bị cáo Lý 2 năm tù về tội không chấp hành quyết định quản chế hành chính của cơ quan nhà nước có thẩm quyền,ꦡ và 13 năm tù về tội phá hoại chính sách đoàn kết. Tổng hợp cả 2 hình phạt là 15 năm tù. Sau khi mãn hạn tù, Nguyễn Văn Lý còn chịu thêm hình phạt quản chế 5 năm tại địa phương nơi cư trú.
TTXVN