Khu Liên hợp Thể thao Quốc gia là đơn vị sự nghiệp trực thuộc Tổng cục TDTT, mỗi năm được Bộ VH-TT&DL cấp kinh phí khoảng 10 tỷ đồng để duy trì hoạt động. Từ năm 🦂2009, đơn vị này tự chủ tài chính, với nguồn thu trung bình từ 30 tỷ đến 60 tỷ đồng mỗi năm từ việc cho thuê đất, dịch vụ... Tuy nhiên, theo kết luận của Thanh tra Chính phủ, từ đó đến nay Khu Liên hợp mới bỏ ra 53 tỷ đồng cho công tác duy tu, bảo dưỡng.
Năm 2009, đường chạy trên sân Mꦅỹ Đình xuống cấp, khiến hệ thống giải điền kinh quốc gia không thể tổ chức ở đây trong nhiều năm. Phải đến năm 2016, dự án cải tạo đườ🙈ng chạy mới được thực hiện, kéo dài suốt bốn năm và lấy từ ngân sách nhà nước.
Bên cạnh các trận đấu của đội tuyển Việt Nam ở vòng loại World Cup, SVĐ Mỹ Đình sẽ là công trình trọng điểm của SEA Games 31 dự kiến diễn ra vào tháng 4/2022. Nơi này sẽ tổ chức lễ khai mạc và bế mạc, thi đấu môn điền kinh, bóng đá nam... Chính phủ sẽ cấ𓂃p 408 tỷ đồng để sửa chữa Khu Liên hợp, trong đó khoảng 150 tỷ đồng dành riêng cho sân Mỹ Đình... Nhưng đến nay, dự án chưa được triển khai.